MUSCLE

Одна из самых быстрых и эффективных программ для множественного выравнивания белковых и нуклеотидных последовательностей. Согласно тестам MUSCLE достигает очень высоких результатов на системах тестирования качества множественного выравнивания, в основе которых лежат общепризанные базы известных выравниваний prefab и balibase.

MUSCLE это консольная утилита работающая преимущественно с FASTA и CLUSTAL форматами данных.