Программа для распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов SITECON

Тип разработки: 
Программа
Регистрационный номер в ФАП: 
PR11064
Дата регистрации в ФАП: 
2011-11-28
Тематическая направленность: 
Биоинформатика
Заявитель: 
Институт цитологии и генетики СО РАН
Разработчики программы (базы данных): 
Ощепков Дмитрий Юрьевич
Аннотация: 

Назначение - программа для распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов
Область применения - биология и медицина
Используемый алгоритм -  разработка автора, алгоритм SITECON.
Алгоритм опубликован в статье Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition. Nucleic Acids Res. 2004 Jul 1;32(Web Server issue):W208-12.
Функциональные возможности - выявление консервативных конформационных и физико-химических свойств для выборок сайтов связывания транскрипционных факторов; распознавание новых потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов на основе сравнения значения выявленных консервативных свойств со свойствами анализируемой последовательности.
Инструментальные средства создания - С++

Интернет версия доступна по адресу http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/sitecon/

Использованные при разработке материалы: 
база данных конформационных и физико-химических свойств "Property", http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/bdna/
Признак доступности программы (базы данных): 
полностью свободный доступ
Требования к аппаратным и программным средствам: 

работает под ос Windows XP или ОС Unix

Контактная информация: 
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/sitecon/