Параллельная версия программы MOLKERN для процессоров IBM Cell

Назначение - выполнение молекулярной динамики на процессорах IBM Cell
Область применения - молекулярное моделирование
Используемый алгоритм - молекулярная динамика, параллельные технологии
Функциональные возможности - Программный комплекс MOLKERN [1] предназначен для моделирования структуры и динамики биомакромолекул. Алгоритмы, лежащие в его основе, имеют вычислиотельную сложность не выше N*log N. Программируемая локальная память процессора IBM Cell, а также высокоэффективная внутрипроцессорная шина данных позволили представляемой в заявке параллельной реализации [2] комплекса достичь ускорения  расчётов ван-дер-ваальсовых межатомных взаимодействий, превышающее 3,5 раза на каждое ядро SPE в сравнении с одним ядром процессора AMD Athlon X2 5000+.
Инструментальные средства создания - язык C++, IBM SDK for Multicore acceleration for Linux
Библиотеки - Boost, FFTW, Pthreads, LibSPE2 (IBM SDK for Multicore acceleration for Linux), IBM MASS

1. Фомин Э. C., Алемасов Н. А.,Чирцов А. С., Фомин А. Э. Библиотека программных компонент MOLKERN для построения программ молекулярного моделирования // Биофизика. 2006. Т. 51, Вып. 7. С. 110–113.
2. Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Эффективная реализация алгоритма расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell 8i // Вычислительные технологии. 2010. Т. 15, № 6. С. 3-18.