Районы позиционирования нуклеосом (РПН)/ Nucleosome Positioning Region Database (NPRD)

База данных NPRD (Nucleosome Positioning Region Database) по экспериментально картированным сайтам формирования нуклеосом. Нуклеосома является элементарной единицей упаковки ДНК эукариот. База основана на описании характеристик картированных сайтов позиционирования нуклеосом. Отдельные карточки базы данных были созданы на основе сбора и анализа статей первоисточников (экспериментальных данных). База данных представляет формализованное описание различных факторов в позиционирование нуклеосом с учетом доступной информации о биологически значимых характеристиках рассматриваемых районов генов и геномов.

Особое внимание в описании уделяется различным особенностям позиционирования нуклеосом:
тип позиционирования нуклеосомы - трансляционно- или ротационно-определенное позиционирование;
расположение нуклеосомы – вне генов или в пределах генов;
в случае отнесения последовательности ДНК к регуляторному району гена отмечается эффект, оказываемый расположением нуклеосомы на транскрипцию – усиление или ослабление;
влияние присутствия какого-либо белка или мультибелкового комплекса на позиционирование нуклеосомы.

Назначение базы - обучения программ поиска сайтов формирования нуклеоосом, изучение контекстных характеристик сайтов формирования нуклеоосом.
Область применения базы - биоинфоматика, контекстный анализ нуклеотидных последовательностей, оценка эффективности программ анализа последовательностей ДНК.
Функциональные возможности - форма представления базы позволяет произвести экстракцию содержания базы, и в частности нуклеотидных последовательностей.
Инструментальные средства создания - стандартное программное обеспечение персонального компьютера (UltraEdit, FAR, Microsoft Visual C++).