Новости

Программа предназначена для моделирования двухфазных дисковых гравитирующих систем на суперЭВМ, исследования свойств численной модели и изучения устойчивости двухфазных дисковых гравитирующих систем при различных значениях физических параметров.
Возможные области применения: астрофизика, динамика галактик, протопланетных и аккреционных дисков.
Программа построена на основе метода частиц в ячейках, метода декомпозиции области и метода преобразования Фурье.
Возможности программы включают расчет на суперЭВМ на больших сетках (до 500х500х500, миллиард модельных частиц) с числом процессоров до 1000. Программа создана с помощью библиотеки MPI на языке Fortran 77.

В основу программы положен оригинальный, разработанный авторами вычислительный алгоритм, опубликованный в седующих статьях:
1. A Multigrid Parallel Program for Protoplanetary Disc Simulation. PaCT-2005 proceedings. Lecture Notes in Computer Science, volume 3606, 2005, p.457-467. Vshivkov V.A. Snytnikov A.V.
2. А.В.Снытников. «Об одном методе распараллеливания решения уравнения Пуассона» Автометрия. 2006. Т. 42, №3. С.62-68
3. Вшивков В.А., Снытников А.В. Построение эффективного параллельного метода решения уравнения Пуассона для моделирования эволюции протопланетного диска // Вычислительные методы и программирование, 2009, т. 10, № 1, с.105-111

2010-10-01

Полный каталог импактных структур Земли

Назначение - предоставление информации об импактных образованиях Земли для научных исследований в области изучения импактного кратерообразования и анализа характеристик катастрофических явлений
Область применения - геофизика, картография

Функциональные возможности - внесение изменений и предоставление расширенной информации из базовой версии по запросу пользователя, просмотр общей информации Интернет-версии БД с помощью обозревателя
Инструментальные средства создания базовой версии БД: Access, С-Builder, Visual C++; интернет-версии: FrontPage

2010-09-30

Программы минимизации нелинейных функций при линейных ограничениях

Пакет программ минимизации нелинейных функций при линейных ограничениях, заданных разреженными матрицами. Алгоритмы основываются на технологии приведенного градиента, которая состоит в сочетании модифицированного симплекс-метода и некоторого метода безусловной минимизации (метод сопряженных градиентов, квазиньютоновский метод, субградиентный метод).
Назначение - предназначен для минимизации выпуклых функций с учетом линейных ограничений.
Используемый алгоритм - алгоритм взят из книги "Современное линейное программирование. Теория и практика", автор Б. Муртаф, изд-во М.:"Мир", 1984 г.
Функциональные возможности - Использование метода сопряженных градиентов позволяет решать задачи с непрерывно дифференцируемыми функциями большой размерности. Квазиньютоновский метод обеспечивает решение гладких задач небольшой и средней размерности с высокой точностью. Субградиентный метод применим в задачах с негладкими функциями.
Инструментальные средства создания - Программы написаны на языке Фортран -77.

2010-04-27

GALA-2.0 - пакет для решения задач линейной алгебры с гарантированной оценкой точности

Программа GALA-2.0 предназначена для решения следующих стандартных вычислительных задач линейной алгебры для заполненных вещественных матриц: решение линейных систем и решение симметрических спектральных задач. При разработке этой программы использовалась методика учета и суммирования машинных погрешностей, основанная на известном методе обратного анализа (см. Бибердорф Э.А., Попова Н.И. “Гарантированная точность современных алгоритмов линейной алгебры”, Новосибирск, Изд-во СО РАН, 2006).

Программа GALA-2.0 ориентирована на пользователя, не являющегося специалистом в вычислительной линейной алгебре, и отвечает следующим требованиям:

максимальный уровень автоматизации анализа свойств задачи;
сопровождение результата вычислений гарантированной оценкой его точности;
содержательная диагностика причин аварийных остановок.

2010-04-21

Программа распознавания функциональных сайтов в пространственных структурах белков (ПДБСайтСкан)/Program for search of functional sites in the spatial structures of proteins (PDBSiteScan)

Программа распознавания функциональных сайтов в пространственных структурах белков (ПДБСАЙТСКАН)/Program for search of functional sites in the spatial structures of proteins (PDBSiteScan) предназначена для функциональной аннотации белковых молекул, реконструкции сетей белок-белковых и белок-лиганд взаимодействий. Программа может быть использована в области молекулярной биологии, медицины и биотехнологии, а также других областях, связанных с изучением функционального строения белков и молекулярно-генетических систем. Программа позволяет распознавать функциональные сайты в пространственных структурах белков, включая: сайты каталитических центров ферментов, сайты пострансляционных модификаций белков, сайты связывания ионов металлов, сайты связывания органических и неорганических лигандов, сайты связывания ДНК и РНК. Программа обеспечивает выявление функционально важных свойств структуры белков, необходимых для решения задач идентификации функции белков, поиска мишеней для лекарственных препаратов и целенаправленного конструирования белков с улучшенными медико-биологическими свойствами.