Новости

База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА) предназначена для хранения и поиска информации о названиях и свойствах нанобиоматериалов. База данных может быть использована в области нанобиотехнологии, биотехнологии, молекулярной биологии, медицины, а также других областях, в которых используются наноматериалы. База данных содержит информацию, автоматически извлеченную из текстов рефератов базы данных Pubmed методами Text-Mining.

2010-04-21

База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE)

База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ) предназначена для хранения и поиска информации о нанобиотехнологиях. База данных может быть использована в области нанобиотехнологии, биотехнологии, молекулярной биологии, медицины, а также других областях, в которых используются нанотехнологии. База данных содержит информацию о названиях, описаниях и областях применения нанобиотехнологий, автоматически извлеченную из текстов рефератов базы данных Pubmed методами Text-Mining.

2010-04-20

Plast2D - Программа для расчета нелинейных упругопластических деформаций изотропного твердого тела в простой геометрической постановке (прямоугольная область) и двухмерных задач

Функциональные возможности программы - Расчет нелинейных упругопластических деформаций изотропного твердого тела в простой геометрической постановке (прямоугольная область). Двухмерные задачи. Возможность задавать следующие граничные условия: свободная граница, скорость границы, напряжения на границе, комбинации всех этих условий.

Назначение - моделирование конечных упругопластических деформаций твердого тела. Область применения -деформации металлов, резиноподобные материалы, геодинамика.

Используемый алгоритм - алгоритм основан на конечно-объемной схеме Годунова с приближенным решением задачи о распаде произвольного разрыва и приведение системы уравнений к симметрическому гиперболическому виду [1], [2].

Инструментальные средства создания - Fortran 90.

[1] Годунов С.К., Пешков И.М. "Симметрические гиперболические уравнения нелинейной теории упругости" // Журн. вычислит. математики и мат. физики. 2008. Т. 48, № 6, C. 1034-1055.
[2] Пешков И.М. "Численное моделирование разрывных решений в нелинейной теории упругости" // Журнал прикладной механики и технической физики. 2009. Т. 5, C. 152-161.

2010-04-20

Программа автоматической генерации математических моделей генных сетей (МГСгенератор)

Разработанная программа предназначена для автоматической реконструкции математической модели генной сети (ГС) на основе её структурно-функциональной организации. Программа позволяет: (1) для определённого набора структурных паттернов ГС генерировать математическую модель; (2) позволяет экспортировать полученную математическая модель в среды моделирования поддерживающие форматы «SiBML» и «SBML» и программный пакет «Mathematica», и (3) формировать базу математических моделей элементарных подсистем ГС.
Подробнее можно узнать в следуюших публикациях:
1) Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, К.Д. Безматерных, В.А. Лихошвай. Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей // информационный вестник ВОГиС, Т. 13. N. 1. 2009. С. 163-169
2) Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е. (2009). Новые компьютерные технологии для построения, анализа и численного исследования математических моделей молекулярно-генетических систем. СибЭМЖ, Том VI, стр. 440-456.

2010-04-20

Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем (МГСмоделлер)

Компьютерная система «MGSmodeller» предназначена для создания, вычисления и анализа математических моделей молекулярно–генетических систем. Разработана как ECLIPSE RCP приложение, благодаря чему имеет модульную архитектуру. Данная система содержит следующие модули: «конструктор/редактор моделей», «расчет моделей», «обратная задача», «оптимальное управление». Модуль «конструктор/редактор моделей» позволяет создавать и редактировать модели, используя оригинальный, разработанный авторами, стандарт спецификации моделей «SiBML»[1]. Идеи, вложенные в структуру языка SiBML, помимо стандартного набора функциональности по представлению моделей, позволяют также описывать и моделировать матричные процессы, такие как транскрипция, трансляция, учитывать полиаллельность геномов и ориентацию генов. Что, по сути, позволяет моделировать эксперименты генной инженерии. В системе реализованны средства синтаксического и семантического анализа для языка моделирования. Система "MGSmodeller" также включает: средства конструирования моделей произвольных МГС, средства подготовки моделей для расчета динамики, решения обратных задач и задач оптимального управления. Для расчетов используется метод "Гира". Пользовательский интерфейс системы «MGSmodeller» позволяет наглядно отображать результаты расчёта и анализа математических моделей МГС. Одним из преимуществ данной разработки является возможность объединять несколько готовых моделей, что позволяет реконструировать подсистемы моделируемой МГС независимо друг от друга, и создавать базу готовых моделей, как блоков для создания более сложных систем. Дополнительная информация доступна в следующих публикациях:
1) Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Ратушный А.В., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.В.. Обобщенный химико-кинетический метод моделирования генных сетей // Молекулярная биология, 2001 т. 3. №. 6. с. 1072-1079;
2)Likhoshvai V. and Ratushny A. Generalized Hill function method for modeling molecular processes // Journal of Bioinformatics and Comp. Biology, 2007. V. 5. N.2. P. 521-531.