Новости

Функциональные возможности - Расчет нелинейных упругопластических деформаций изотропного твердого тела в простой геометрической постановке (прямоугольная область). Двухмерные задачи. Возможность задавать следующие граничные условия: свободная граница, скорость границы, напряжения на границе, комбинации всех этих условий. Возможности программы такие же как у однопроцессорной версии Plast2D 1.0.

Назначение - моделирование конечных упругопластических деформаций твердого тела на многопроцессорных компьютерах.

Область применения - деформации металлов, резиноподобные материалы, геодинамика.

Используемый алгоритм - алгоритм основан на конечно-объемной схеме Годунова с приближенным решением задачи о распаде произвольного разрыва и приведение системы уравнений к симметрическому гиперболическому виду [1], [2].

Инструментальные средства создания - Fortran 90.

[1] Годунов С.К., Пешков И.М. "Симметрические гиперболические уравнения нелинейной теории упругости" // Журн. вычислит. математики и мат. физики. 2008. Т. 48, № 6, C. 1034-1055.
[2] Пешков И.М. "Численное моделирование разрывных решений в нелинейной теории упругости" // Журнал прикладной механики и технической физики. 2009. Т. 5, C. 152-161.

2010-04-20

Растения, Паттерны, Фенотипы (3П-ДБ) / Plants, Patterns, Phenotypes (3P-DB)

Назначение - Ресурс по экспериментальным данным о паттернах экспрессии и фенотипическим аномалиям развития корней растений.
Область применения - Генетика развития растения.
Используемый алгоритм - Систематизация данных, основанная на биологических онтологиях.
Функциональные возможности - База данных «3P-DB» предназначена для интеграции данных об экспрессии генов растений разных видов в развитии на молекулярном, тканевом и фенотипическом уровнях. Информационная часть базы данных (БД) «3P-DB» состоит из следующих разделов: БД генов, мутантов и трансгенных конструкций растений разных видов; БД по экспрессии генов растений в норме, при мутациях, в трансгенах и при обработке активными веществами и факторами; БД фенотипических аномалий развития корневых систем; терминологические системы. К терминологическим системам в первую очередь относится онтология развития корневых систем растений, которая состоит из двух контролируемых словарей по: (1) стадиям развития корневой системы и (2) анатомии и морфологии корневой системы. К программным компонентам БД «3P-DB» относятся: система ввода и редактирования, интернет-сайт с системой запросов, веб-интерфейс онтологии развития корневых систем растений.
Инструментальные средства создания - Java, Berkeley DB XML.

2010-04-19

MONTEDOCK

Назначение - докинг низкомолекулярных лигандов к белкам.
Область применения - молекулярная биология.
Используемый алгоритм - используется случайный поиск позиции лиганда в заданной области пространства. Лиганд рассматривается как гибкий, также случайным образом задаются углы вращения различных молекулярных групп. После случайного позиционирования, выполняется оптимизация геометрии лиганда методом LBFGS. Расчеты выполняются в силовом поле AMBER. Результатом выполнения является заданное число позиций с наименьшей энергией.
Функциональные возможности - докинг в заданной области пространства, докинг по всей поверхности заданного белка.
Инструментальные средства создания - С++.
Основывается на коде, опубликованном в "A library of software components for molecular modeling programs" авторов E.S. Fomin, N.A. Alemasov, A.S. Chirtsov and A.E. Fomin, Biophysics. 51, suppl. 1 (2006) 110-112.

2010-04-19

BAUBLE

Назначение - восстановление отсутствующих атомов в pdb файлах. Позволяет восстанавливать пропущенные атомы, не лежащие в основной белковой цепи, водороды. Возможно выполнение замен аминокислотных остатков.
Область применения - молекулярная биология, химия
Используемый алгоритм основывается на конформном преобразовании пространства для заданного в amino*.lib файлах образцов аминокислотных остатков к соответствующему аминокислотному остатку в белке. Позиции недостающих атомов восстанавливаются согласно преобразованному образцу.
Инструментальные средства создания - С++
Основывается на коде, опубликованном в "A library of software components for molecular modeling programs" авторов E.S. Fomin, N.A. Alemasov, A.S. Chirtsov and A.E. Fomin, Biophysics. 51, suppl. 1

2010-04-19

Гены-сенсоры (GenSensor)

База данных GenSensor предназначена для накопления информации, необходимой для создания геносенсорных конструкций на основе бактериальных генов и содержит данные о структуре бактериальных промоторов, экспрессия которых активируется в ответ на определенное внешнее воздействие, механизмах индукции, а также условий, при которых наблюдается максимальный ответ на данный тип воздействия.
База может быть использована для поиска генов, чувствующих присутствие в среде различных токсических для клетки веществ, и представляет интерес для исследователей, занимающихся разработкой и созданием новых, высокоэффективных и чувствительных методов, которые бы в отсутствие знаний о природе токсического для клетки вещества, выявляли его присутствие в биологических средах.
Источником информации для базы является аннотация научных статей, опубликованных в открытой печати.
Язык программирования: Icarus,
СУБД: Sequence Retrieval System (SRS),
Операционная система: UNIX, Linux.
Структура и формат базы описаны в: Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Application of bioinformatics resources for genosensor design. // J. Bioinform. Comput. Biol. 2007. V. 5. P. 507-520.