Разработки СО РАН - каталоги программ и БД

База данных RealSite предназначена для накопления информации по структуре функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов (ССТФ) у про- и эукариот. База основана на описании структуры ССТФ с помощью частотных матриц, которые построены в результате выравнивания представительных выборок нуклеотидных последовательностей ССТФ. В базе данных RealSite выборки ССТФ созданы на основе только тех последовательностей ДНК, функциональность которых в структуре промотора подтверждена экспериментально. База RealSite служит основой для решения ряда актуальных задач биоинформатики и представляет интерес для исследователей, занимающихся распознаванием сайтов связывания ТФ, изучением механизмов транскрипции и реконструкцией генных сетей.
СУБД: Sequence Retrieval System (SRS)

База данных ассоциативных сетей (ЭНДЦелл)/Associative network database (ANDCell) предназначена для реконструкции ассоциативных сетей, описывающих молекулярно-генетические взаимодействия в клетке, а также ассоциативные связи генов с заболеваниями. База данных может быть использована в области молекулярной биологии, медицины и биотехнологии, а также других областях, связанных с изучением молекулярно-генетических систем.
База данных содержит информацию, автоматически извлеченную из текстов рефератов базы данных Pubmed методами Text-Mining, о молекулярно-биологических взаимодействиях между генами, белками, микроРНК, метаболитами, молекулярные процессами, клеточными компонентами. В базе данных представлены взаимодействия следующих типов:
1)физические взаимодействия между белками, белками и низкомолекулярными соединениями, белками и генами;
2)ассоциативные связи между белками, генами, низкомолекулярными соединениями и заболеваниями;
3)каталитические реакции;
4)регуляция:
стабильности белка, посредством пострансляционных модификаций;
активности белка, посредством пострансляционных модификаций;
экспрессии гена;
клеточных процессов.

Программа реализует графический пользовательский интерфейс для взаимодействия с базой данных ассоциативных сетей.

Программа позволяет реконструировать ассоциативные сети по запросу пользователя, производит раскладку на плоскости и визуализирует построенные сети.
В программе реализованы алгоритмы для анализа ассоциативных сетей. Программа позволяет производить поиск замкнутых циклов и наикратчайших путей между двумя объектами в ассоциативной сети, а также строить множество фундаментальных циклов.

Программа может быть использована в области молекулярной биологии, медицины и биотехнологии, а также других областях, связанных с изучением молекулярно-генетических систем.